Mesoliitikumist ehk keskmisest kiviajast pärinevad esimesed praegu teadaolevad inimasustuse jäljed Eestis. Viimase jääaja järgsed muutused looduskeskkonnas olid selleks ajaks stabiliseerunud vastavaks praegusele parasvöötmele ja Eesti ala kattunud metsadega. Keskmine kiviaeg on püügimajandusliku asustuse ajajärk. Elatud on veekogude ääres. Mesoliitikumi varasema osa asustus on sisemaaline ja seotud järvede ja jõgedega. Peamiseks jahiloomaks on olnud põder ja kobras, aktiivselt on kalastatud ja ilmselt tegeldud korilusega. Hilismesoliitikumist pärineb ka Eesti vanim võrgujäänuse leid. Perioodi hilisemas osas on sisemaa asustuse kõrvale tekkinud mereäärne asustus Mandri-Eesti rannikul ja asustatud saared. Selleaegseid asulakohti tuntakse Saaremaalt, Hiiumaalt ja isegi Ruhnust. Rannikuasustuse majanduslikuks aluseks oli hülgeküttimine, mille kõrval jätkusid võimalust mööda ka traditsioonilised jahi, kalapüügi ja koriluse vormid. Algul peatuti saartel ilmselt vaid ajutiselt, kuid võimalik, et juba mesoliitikumis on Saaremaal kujunenud välja paikne asustus. Mesoliitilise arheoloogilis-kultuurilise kompleksi üldnimetuseks on Kunda kultuur. Loomulikult ei ole see kogu nelja tuhande aasta pikkuses ajavahemikus päris ühtne, kuid toimunud muutustes on arengupidevus. Eestist tuntakse seni ligi poolsada keskmise kiviaja asulakohta ja võimalik, et sellise vanusega on ka mõned haualeiud. 

Arvukaimaks leiuliigiks mesoliitilistest asulakohtadest on lõhestustehnikas valmistatud väikesed kiviesemed ja eriti nende tootmisjäägid. Peamiseks toormeks on olnud tulekivi ja kvarts, mille kasutuses on ajalisi ja piirkondlikke erinevusi. Mesoliitikumi algul on rohkesti kasutatud kvaliteetset mustjaspruuni värvi kriidilademe tulekivi, mis pärineb arvatavasti Lõuna-Leedu või Valgevene aladelt. Hilisemal ajal on määrav olnud kohalik kivim. Kesk-Eestis, kus looduses leidub kõige paremat tulekivi, jäi selle osakaal peaaegu ainuvalitsevaks kogu mesoliitikumi jooksul. Rannikul ja saartel on tihti enam kasutatud kvartsi, kuigi ka nendel aladel leidub mõnevõrra looduslikku tulekivi. Tööriistade hulgas eristatakse visuaalse vaatlusega kindlakstehtavaid teisese töötlusega lõhestustehnikas väikeesemed. Kõige arvukamaks leiuliigiks neist on kõõvitsad, seejärel uuritsaid, vähem on puure ja teisi tööriistu sealhulgas ka kombineeritud variante, näiteks kõõvitsuuritsaid jms. Kivitöötlemiseks kasutatud tööriistadest on kõige sagedamaks leiuks lihvimiskivid. Palju töö- ja tarbeesemeid on tehtud luust ja sarvest. Nende sortiment on olnud väga mitmekesine, kuid enamikes mesoliitilistes muististes on luuaines säilinud väga halvasti või puuduvad luuesemed täiesti. Raieriistad, silmata kirved ja talvad, on tehtud erinevatest kristalsetest kivimitest ning luust ja sarvest. Mitmesuguseid kirveid, kirkasid, haamreid ja muid sissepuuritud varretusauguga tööriistu on tehtud põdrasarvest.  Silmata kirveste ja talbade varretamiseks on kasutatud sarvest kirvepäid. Jahi- ja kalastustarvetest on leitud tulekivist ja luust nooleotsi, luust odaotsi, luust ja sarvest pistodasid, luust ahingu- ja harpuuniotsi, tuurasid, õngekonkse, õnge-  ja võrguraskusi. Muudest luust tööriistadest on arvukamalt mitmesugused naasklid ja teravikud. Leitud on ka rõivastel ja kaelas kantud hammasripatseid ning natuke luust ja sarvest pisiplastikat.
 

Kirjandust. 

Indreko, R. Die mittlere Steinzeit in Estland. Mit einer Übersicht “Über die Geologie des Kunda-Sees” von K. Orviku. — Kungl. Vitterhets Historie och Antikvitets Akademiens Handlingar, 66. Stockholm 1948.
Indreko, R. Skulptuur ja ornament Eesti kiviaja luuriistades. — Eesti Rahva Muuseumi Aastaraamat VI (1930). Tartu 1931, 47-70.
Jaanits, K. Die mesolithischen Siedlungsplätze mit Feuersteininventar in Estland. — Veröffentlichungen des Museums für Ur- und Frühgeschichte 15. Mesolithikum in Europa. 2. Intern Symp., Potsdam, 3. Bis 8. Apr. 1978. Berlin 1981, 389-399.
Jaanits, K. The Origin and Development of the Kunda Culture. — Fenno-Ugric Studies in Archaeology, Antropology and Etnography. Estonian Papers Presented at the Sixth International Finno-Ugric Congress (Syktyvkar, 24-30 July, 1985). Tallinn 1990, 7-15.
Jaanits, K., Ilomets, M. Umbusi mesoliitilise asula vanusest ja kohast Eesti keskmise kiviaja kronoloogias. — Loodusteaduslikke meetodeid eesti arheoloogias. Artiklite kogumik. Tallinn 1988, 54-63.
Jaanits, L., Jaanits, K. Ausgrabungen der frühmesolithischen Siedlung von Pulli. — Eesti NSV Teaduste Akadeemia Toimetised. Ühiskonnateadused, 27, 1, 1978, 56-63.
Jaanits, L., Jaanits, K. Frühmesolithische Siedlung in Pulli. — Eesti NSV Teaduste Akadeemia Toimetised. Ühiskonnateadused, 24, 1, 1975, 64-70.
Jaanits, L., Laul, S., Lõugas, V., Tõnisson, E. Eesti esiajalugu. Tallinn 1982.
Kriiska, A. Archaeological studies on the Kõpu Peninsula — Eesti Teaduste Akadeemia Toimetised. Humanitaar- ja sotsiaalteadused, 45, 4, 1996, 398-409.
Kriiska, A. Mesoliitilised asustusjäljed Loode-Saaremaal. — Ajalooline Ajakiri, 1 (100), 1998, 13-22.